അടുത്ത കാലത്ത് കോണ്‍ഗ്രസിന് ഏറ്റവും നാണക്കേടും അമ്പരപ്പും ഉണ്ടാക്കിയ ഒന്നായിരുന്നു പന്തളം പ്രതാപന്റെ ബി.ജെ.പി. പ്രവേശം. ശനിയാഴ്ച വരെ കോണ്‍ഗ്രസ് നേതാവായിരുന്ന പ്രതാപന്‍ ഞായറാഴ്ച എല്ലാവരെയും അമ്പരിപ്പിച്ചുകൊണ്ടാണ് ബി.ജെ.പി.യിലെത്തിയത്. മുന്‍ മന്ത്രി പന്തളം സുധാകരന്റെ അനുജനായ പ്രതാപന്റെ ഈ നടപടി പത്തനംതിട്ടയിലെ കോണ്‍ഗ്രസ് സംഘടനയെ ആകെ നാണക്കേടിലാക്കി.
അടൂര്‍ മണ്ഡലത്തില്‍ കോണ്‍ഗ്രസ് സ്ഥാനാര്‍ഥിത്വത്തിന് പരിഗണിച്ചിരുന്നവരില്‍ പ്രതാപന്റെ പേരും ഉള്‍പ്പെട്ടിരുന്നതായി സൂചനയുണ്ട്.സ്ഥാനാര്‍ഥി നിര്‍ണയവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അവസാനനിമിഷം ഉടലെടുത്ത പ്രശ്‌നങ്ങളാകാം പൊടുന്നനെ പാര്‍ട്ടി വിടാന്‍ കാരണമായതെന്ന് പ്രാദേശിക കോണ്‍ഗ്രസ് വൃത്തങ്ങള്‍ കരുതുന്നു.
എന്നാല്‍ സ്വന്തം അനുയായിക്ക് അടൂര്‍ സീറ്റ് കിട്ടാനായി അടൂര്‍ പ്രകാശ് നടത്തിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്ന ഉപജാപങ്ങളില്‍ മനം മടുത്താണ് പ്രതാപന്‍ പെട്ടെന്ന് പാര്‍ടി മാറിയതെന്നാണ് നിഗമനം. സംസ്ഥാന രാഷ്ട്രീയത്തിലേക്ക് തിരിച്ചുവരാന്‍ അടൂര്‍പ്രകാശ് ശ്രമിച്ചിരുന്നെങ്കിലും സിറ്റിങ് എം.പി.മാര്‍ ആരും നിയമസഭയിലേക്ക് മല്‍സരിക്കേണ്ടതില്ല എന്ന പാര്‍ടി തീരുമാനം വിനയായി. ഇതേത്തുടര്‍ന്നാണ് സ്വന്തം ശിങ്കിടിയെ അടൂരില്‍ തിരുകിക്കയറ്റാനായി ശ്രമം തുടങ്ങിയത്.
കെ എസ് യു വിലൂടെ രാഷ്ട്രീയത്തിലേക്ക് കടന്ന പ്രതാപന്‍ യൂത്ത് കോണ്‍ഗ്രസ് സംസ്ഥാന വൈസ് പ്രസിഡന്റായിരുന്നു.ജില്ലാ പഞ്ചായത്തിലേക്ക് മത്സരിച്ച് കന്നിവിജയം നേടിയ ഇദ്ദേഹം അടുത്ത തവണ വൈസ് പ്രസിഡന്റായി. പിന്നീട് പന്തളം ഗ്രാമപ്പഞ്ചായത്തംഗവും പ്രസിഡന്റുമായി. കെപിസിസി സെക്രട്ടറി, നിര്‍വാഹകസമിതിയംഗം എന്നീ നിലകളില്‍ പ്രവര്‍ത്തിച്ചു. കെ കരുണാകരന് ഏറെ പ്രിയങ്കരനായ യുവനേതാവായിരുന്ന പ്രതാപന്‍, കെ മുരളീധരനൊപ്പം ഡിഐസിയിലേക്ക് മാറിയശേഷം തിരികെ കോണ്‍ഗ്രസിലെത്തി സജീവമായി പ്രവര്‍ത്തനം നടത്തിവരുകയായിരുന്നു. പത്തനംതിട്ട ജില്ലയിലെ കോണ്‍ഗ്രസിന്റെ മുന്‍നിര പ്രവര്‍ത്തകരില്‍ ഒരാളായിരുന്നു ഇദ്ദേഹ
